¿Resulta aplicable la figura de la prescripción de la acción, cuando se trata de sumas de dinero producto de fallos de responsabilidad fiscal y que contienen una obligación a favor de algún sujeto de control?

Si. Los fallos de responsabilidad fiscal no contienen obligaciones en favor de sujetos de control, sino en favor del Tesoro, en el proceso de cobro coactivo adelantados por los entes de control fiscal; por lo que le son aplicables tanto la pérdida de fuerza ejecutoria, como la prescripción.